1942-ല്‍ മയ്യഴിയിലെ ഒരിടത്തരം കുടുംബത്തില്‍ ജനിച്ചു. മുകുന്ദന്‍ ജനിയ്ക്കുന്ന കാലം മയ്യഴി ഫ്രാന്‍സിന്റെ അധീനതയിലായിരുന്നു. കുട്ടിക്കാലം മുഴുവന്‍ നീണ്ടുനിന്ന രോഗം മറ്റുള്ളവരില്‍ നിന്നു അകന്ന് ഏകാകിയായി ജീവിയ്ക്കുവാന്‍ പ്രേരിപ്പിച്ചു. പലപ്പോഴും മരണത്തെ അടുത്തു കണ്ടിരുന്നു. വായനയും പിന്നീട് ആരും കാണാതെയുള്ള എഴുത്തുമായിരുന്നു ഏക ആശ്വാസം.
1962-ല്‍ ദല്‍ഹിയില്‍ വന്ന ശേഷമാണ് ആദ്യകഥയായ ‘നിരത്ത്’ വെളിച്ചം കാണുന്നത്. നാലുവര്‍ഷങ്ങള്‍ക്കുശേഷം ഫ്രഞ്ച് എംബസിയില്‍ ജോലിയില്‍ ചേര്‍ന്നു. പത്തു വര്‍ഷക്കാലം പബ്ലിക്കേഷന്‍സ് വിഭാഗത്തിന്റെ ഉത്തരവാദിത്ത്വം നോക്കി. 1984-ല്‍ പാരീസില്‍ കള്‍ച്ചറല്‍ മാനേജ്‌മെന്റില്‍ ട്രെയിനിംഗ്. 2003-ല്‍ കള്‍ച്ചറല്‍ അറ്റാഷെയായിരിക്കവെ എംബസിയില്‍ നിന്നും പിരിഞ്ഞു.
1970-ല്‍ ശ്രീജയെ വിവാഹം ചെയ്തു. രണ്ടു കുട്ടികള്‍. എഞ്ചിനീയറായ മകന്‍ പ്രതീഷ് അമേരിക്കയില്‍ ജോലി ചെയ്യുന്നു. ഭാര്യ സിന്ധു. മകള്‍ ഭാവന വിവാഹിതയാണ്. ഭര്‍ത്താവ് രഞ്ജിത്തിനോടൊന്നിച്ച് അമേരിക്കയില്‍ താമസിക്കുന്നു.
ദൈവത്തിന്റെ വികൃതികള്‍, സാവിത്രിയുടെ അരഞ്ഞാണം, സീത, മദാമ്മ, എന്നീ നോവലുകള്‍ സിനിമയായിട്ടുണ്ട്. ദൈവത്തിന്റെ വികൃതികള്‍ക്ക് മികച്ച ചലച്ചിത്രത്തിനുള്ള കേരളാ സ്റ്റേറ്റ് ഗവണ്‍മെന്റ് പുരസ്‌കാരം ലഭിച്ചിരുന്നു.
ഹൃദയവതിയായ പെണ്‍കുട്ടി എന്ന ചെറുകഥാസമാഹാരത്തിന് കേരള സാഹിത്യ അക്കാദമി അവാര്‍ഡ്, ദൈവത്തിന്റെ വികൃതികള്‍ക്ക് കേന്ദ്ര സാഹിത്യ അക്കാദമി  അവാര്‍ഡ്, മുട്ടത്തുവര്‍ക്കി സാഹിത്യ  അവാര്‍ഡ്, കേശവന്റെ വിലാപങ്ങള്‍ക്ക് വയലാര്‍  അവാര്‍ഡ്, ദൈവത്തിന്റെ വികൃതികള്‍ക്ക് ഇംഗ്ലീഷില്‍ പ്രസിദ്ധീകരിച്ച ഇന്ത്യന്‍ ഭാഷകളിലെ ഏറ്റവും മികച്ച നോവലിനുള്ള പ്രഥമ ക്രോസ്‌വേര്‍ഡ് അവാര്‍ഡ്, കലാസാംസ്‌കാരിക രംഗത്തെ മികച്ച പ്രവര്‍ത്തനത്തിനു ഫ്രഞ്ച് ഗവണ്‍മെന്റ് നല്‍കുന്ന ഷെവാലിയര്‍ ഓഫ് ദി ആര്‍ട്‌സ് ആന്റ് ദി ലെറ്റേഴ്‌സ് ബഹുമതി  തുടങ്ങി നിരവധി പുരസ്‌കാരങ്ങള്‍ എം. മുകുന്ദനെ തേടിയെത്തി.
മലയാള ഭാഷയ്ക്ക് എം. മുകുന്ദന്‍ നല്‍കിയ സംഭാവനകള്‍ മാനിച്ച് ഹരിതം ബുക്‌സ് മുകുന്ദന്റെ 21 നോവലുകളെ അധികരിച്ച് 21 പഠന പുസ്തകങ്ങള്‍ 21 മാസങ്ങള്‍കൊണ്ട് മുകുന്ദം സീരീസ് എന്ന പേരില്‍ പുറത്തിറക്കുന്നു. ലോകത്ത് ആദ്യമായാണ് ഇത്തരം ഒരു സംഭവം. മുകുന്ദന്‍ സീരീസില്‍ 9 പുസ്തകങ്ങള്‍ ഇതിനകം പുറത്തിറങ്ങി.  
മയ്യഴിപ്പുഴയുടെ തീരങ്ങളില്‍ ഇംഗ്ലീഷിലും ഫ്രഞ്ചിലും പ്രധാന ഇന്ത്യന്‍ ഭാഷകളിലും അമേരിക്കയിലെ മിഷിഗന്‍ യൂണിവേഴ്‌സിറ്റി പ്രസ്സ് തിരഞ്ഞെടുത്ത കഥകളുടെ ഒരു സമാഹാരമായും പ്രസിദ്ധീകരിയ്ക്കപ്പെട്ടിട്ടുണ്ട്. ദൈവത്തിന്റെ വികൃതികള്‍ പെന്‍ഗ്വിന്‍ ഇംഗ്ലീഷില്‍ പ്രസിദ്ധീകരിച്ചിട്ടുണ്ട്.  ഫ്രാന്‍സില്‍ സോര്‍ബോന്‍ യൂണിവേഴ്‌സിറ്റിയിലും മറ്റു പല സാംസ്‌കാരിക സ്ഥാപനങ്ങളിലും പ്രഭാഷണം നടത്തിയിട്ടുണ്ട്. ഇപ്പോള്‍ ദല്‍ഹിയിലും മയ്യഴിയിലും മാറിമാറി താമസിക്കുന്നു.
കേരള സാഹിത്യ അക്കാദമിയുടെ പ്രസിഡന്റായിരുന്നു.